Les
poissons de l'aquarium sont pour la plupart pêchés par un technicien de l'établissement.
Certains proviennent des pêcheurs de Saint-Jean-de-Luz et des ports de la
région. 
Les invertébrés peuvent être récoltés - après autorisations des Affaires
Maritimes - en pêche à pied dans la zone des marées ou bien en plongée. Certains
spécimens, enfin, sont obtenus par des échanges avec d'autres aquariums français
ou étrangers.
Acclimatation et quarantaine
Avant d'être présentés au public, les animaux pêchés
ou prélevés en mer doivent
subir une période de soins et d'acclimatation. Cette période de quarantaine
dure environ un mois pour la plupart des espèces : c'est le temps nécessaire
pour soigner d'éventuelles blessures et débarrasser les animaux de leurs
parasites, mais aussi pour les habituer progressivement à une alimentation
nouvelle pour eux, ainsi qu'à la présence humaine.
Cette phase est fondamentale
pour présenter
des animaux sains et en parfaite santé, et préserver l'équilibre sanitaire
des aquariums d'exposition (l'introduction d'un seul animal malade peut,
dans certaines conditions, entraîner une véritable épidémie). C'est pourquoi
le Musée de la Mer est équipé d'importantes installations de quarantaine.
L'ensemble des locaux affectés à cet usage couvre ainsi quelques 100m2.
Dans les coulisses de l'aquarium, au niveau inférieur, se trouvent les bacs de
tri, les aquariums de stockage des invertébrés et les bacs de traitement
des petites espèces.
Les locaux situés en terrasse sont attribués aux aquariums
de quarantaine et de stockage des poissons, ainsi qu'aux bassins de traitement
des grandes espèces. Un local d'élevage de petites proies (rotifère, Artémia...)
y est adjoint pour permettre l'alimentation des espèces microphages, des
larves et des alevins.
